
Fue denominada como la «Isla de los Pinos» por Cristóbal Colón, quien arribó a la isla en su el cuarto viaje, por la presencia de coníferas en su territorio, mismas que hasta hoy se conservan, dando un toque especial y diferente en comparación al resto de islas del archipiélago.
El centro de la ciudad curiosamente está ubicado en un pequeño cayo de nombre Bonacca, es un pueblo pintoresco de alegres colores, estrechas calles y canales; el principal medio de transporte son las lanchas, pues solo hay una carretera en una zona de la isla.
Sus habitantes son multirraciales, pues en algún momento fue habitada por ingleses, por holandeses y por españoles. En los últimos años, por su cercanía con Islas Caimán, también se ha visto poblada por habitantes de dicha isla, lo que explica la difusión del idioma inglés, además del español.

¿Cómo se llega a Guanaja? La primera y más fácil manera es tomar un avión en el Aeropuerto Internacional de La Ceiba, otra es tomar un ferri con limitadas partidas desde Trujillo y, la última, tomar una lancha desde la isla de Roatán ya que la distancia entre ambas es de solo 12 km.